Предшественником РФС считается созданный в 1912 году Всероссийский футбольный союз, являвшийся членом ФИФА. В советское время руководство футболом осуществлялось городскими лигами, а полноценная Федерация СССР образовалась в 1954 году.
Штаб-квартира находится в Москве. На РФС возложены обязанности по проведению национального чемпионата, Кубка России, матчей сборных страны. Генеральное направление деятельности – поддержка, развитие и популяризация футбола в целом. В текущем рейтинге футбольных ассоциаций УЕФА занимает 6 место.
С момента воссоздания организации после развала Советского Союза в 1992 году президентом был избран Вячеслав Колосков, проработавший на этом посту более 13 лет. В 2005 году РФС возглавил нынешний министр спорта Виталий Мутко, кандидатуру которого поддержало абсолютное большинство – 96 из 99 возможных голосов. С именем Мутко связаны наиболее яркие достижения национальной сборной - на триумфальном чемпионате Европы-2008 россияне завоевали бронзовые медали, двумя годами ранее отличилась юношеская сборная (до 17 лет), выигравшая первенство Европы в своей возрастной категории. Но неудачное выступление российской команды в отборочном цикле чемпионата мира-2010, когда в решающем стыковом матче команда Гуса Хиддинка потерпела поражение в Словении, вынудило Мутко подать в отставку. Одной из причин стала также невозможность совмещения должности государственного чиновника и главы спортивной федерации.
В 2010 году руководителем РФС избран Сергей Фурсенко. Наиболее значимая инициатива нового руководителя – переход на систему «осень-весна», которая подвергалась и подвергается даже сейчас критики со стороны некоторых футбольных функционеров. Вскоре Фурсенко покинул пост из-за очередной международной неудачи: на ЧЕ-2012 Россия не смогла преодолеть групповой барьер.
В сентябре 2012 года по итогам голосования на внеочередной конференции РФС президентом выбран Николай Толстых. Интересно, что дважды на короткое время исполняющим обязанности президента становился Никита Симонян.
В структуру Российского футбольного союза входят 13 организаций: Российская футбольная Премьер-Лига, Футбольная национальная лига, Коллегия футбольных арбитров, Любительская футбольная лига, Федерация пляжного футбола России, Ассоциация мини-футбола России, Ассоциации женского футбола и мини-футбола, Союз ветеранов футбола, Российский футбольный союз глухих, Инспекторский комитет, Детская футбольная лига и традиционный турнир среди детских команд «Кожаный мяч».
РФС вручает награды лучшим футболистам и футболисткам страны, мужским и женским командам, премии «Открытие года», «За пропаганду футбола» и «За вклад в развитие футбола».
